Tàu lớp Mistral có kết cấu khoang đáy khá lớn, được chia làm nhiều khoang, mỗi khoang chứa đều được lắp đặt 1 hoặc 2 thang máy phục vụ việc vận chuyển xe cơ giới và trực thăng. Khoang đầu tiên là boong phóng máy bay. Khoang này có một sân bay rộng khoảng 6.400 m2, được bố trí 6 vị trí cho 6 máy bay trực thăng có thể cất cánh cùng một lúc. Khoang chứa máy bay có thể chứa 16 máy bay trực thăng hạng nặng hoặc 35 máy bay trực thăng hạng nhẹ với các biến thể khác nhau như NH90, Tigre, Puma, Écureuil, Panther….Ngoài ra, tàu còn có khu vực bảo dưỡng và cầu trục.

Nếu được trang bị thêm một mô đun dốc nhảy trượt, dài 15 – 20m, Mistral có thể đảm nhiệm vai trò của một chiếc tàu sân bay hạng nhẹ, khi đó tàu có thể đáp ứng được việc bố trí triển khai các máy bay cất hạ cánh thẳng đứng hoặc đường băng ngắn kiểu Harrier và F – 35, tuy nhiên trên tàu không có sự bảo trì dành cho chúng.

Trên tàu được lắp đặt một hệ thống radar DRBN-38A Decca Bridgemaster E250 và một hệ thống quang học hỗ trợ cất, hạ cánh.

Tàu đổ bộ lớp Mistral có khoang chứa chuyên dụng với diện tích 2.650 m2, là nơi chở trang thiết bị phục vụ cho các chiến dịch của hải quân. Nó có thể chở một tiểu đoàn 40 xe tăng hạng nặng Leclerc, hoặc một thiết đội 13 xe tăng hạng nặng Leclerc và 46 xe các loại khác. Các tàu Mistral có thể vận chuyển tới 450 quân, với các chiến dịch ngắn hạn có thể tăng gấp đôi lên 900 quân.

Ở đuôi tàu được thiết kế với một cửa lớn, bên trong khoang đó có thể làm ngập nước trợ giúp hoạt động của tàu đổ bộ đệm khí. Khoang chứa này rộng 885 m2 có thể triển khai được 4 tàu đổ bộ thông thường loại CMT. Các tàu có thể mang 2 đổ bộ đệm khí loại LCAC, tính năng này là để tương thích với Thủy quân lục chiến Mỹ và Hải quân Hoàng gia Anh.

Khoang sinh hoạt gồm phòng ở, phòng hội họp dành cho sĩ quan chỉ huy cùng thủy thủ được bố trí ở phía trước tàu. Các khoang của thủy thủ đoàn có thể so sánh được với các khoang hành khách của các tàu du lịch về mức độ thoải mái.

Ngoài ra, trên tàu cũng được trang bị một cơ sở y tế tương đương với một bệnh viện dã chiến cấp sư đoàn hoặc quân đoàn, hoặc bệnh viện đa khoa của một thành phố 250.000 dân, đồng bộ cả nha khoa, chẩn đoán, chuyên gia phẫu thuật và các khả năng y tế, vệ sinh thực phẩm và các khả năng tâm lý học.

Một hệ thống điều khiển y học từ xa dựa trên vệ tinh Syracuse cho phép thực hiện các phẫu thuật chuyên ngành phức tạp.

Bệnh viện có diện tích 900 m2 cung cấp 20 phòng và 69 giường bệnh, trong đó 7 phòng để chăm sóc đặc biệt. Có hai phòng mổ với đầy đủ phòng chụp X quang và siêu âm số, và nó có thể được gắn với một máy quét CT điều khiển từ xa.

Ngoài ra còn có 50 giường bệnh được đặt trong khoang chứa máy bay trực thăng để tăng cường năng lực của bệnh viện trong trường hợp khẩn cấp.